历经双甲子发展，北京交通大学形成了以信息、管理等学科为优势，以交通科学与技术为特色，工、管、经、理、文、法、哲等多学科协调发展的完备的学科培养体系。在众多学科排名中，北京交通大学优势凸显：

学科评估中获评6个A类学科。

系统科学获评A+，交通运输工程、信息与通信工程获评A，管理科学与工程、计算机科学与技术和土木工程获评A-。

2022年QS世界大学学科排名中，北京交通大学共有1个学科领域和8个学科入围，入围学科领域为：工程与技术领域，入围学科分别是：电子电气工程、计算机科学与信息系统、机械工程、材料科学、数学、物理学与天文学、统计与运筹学、化学。

2022软科中国最好学科排名中，北京交通大学共有26个学科上榜，其中，交通运输工程、系统科学2个学科再度蝉联榜首，获评中国顶尖学科（前2名或前2%的学科）。

学校现有47个国家级一流专业建设点、11个国家级特色专业、12个专业通过国家工程教育专业认证、3个专业通过住房和城乡建设部专业评估。这些专业建设点或者通过相关认证的优势专业覆盖了我校所有本科招生专业(类) 。

近5年，学校承担了原“973”计划、“863”计划、国家重点研发计划项目（课题）、国家社会科学基金重大项目、国家自然科学基金项目以及有关部委的各类科研课题1万余项，科研经费41亿元。在国内外重要科技期刊发表论文10103篇；发表国际会议论文2749篇。申请专利3135项，获授权专利1624项。