北京交通大学作为交通大学的三个源头之一，历史渊源可追溯到1896年，前身是清政府创办的铁路管理传习所，是中国第一所专门培养管理人才的高等学校，是中国近代铁路管理、电信教育的发祥地。

1917年改组为铁路管理学校和邮电学校

1921年与上海工业专门学校、唐山工业专门学校合并组建交通大学

1923年交通大学改组后，学校更名为北京交通大学

1950年学校定名北方交通大学，毛泽东主席题写校名，著名桥梁专家茅以升任校长

1952年，北方交通大学撤销，学校改称北京铁道学院

1970年恢复“北方交通大学”校名

2000年与北京电力高等专科学校合并，由铁道部划转教育部直属管理

2003年恢复使用“北京交通大学”校名

2015年北京交通大学威海校区建成

学校曾培养出中国第一个无线广播电台创建人刘瀚、中国第一本铁路运输专著作者金士宣、中国铁路运输经济学科的开创者许靖、中国最早的四大会计师之一杨汝梅，以及中国现代作家、文学评论家、文学史家郑振铎等一大批蜚声中外的杰出人才。中国第一台大马力蒸汽机设计者应尚才，“东京审判”中国检察官向哲浚，中国著名经济学家、人口学家马寅初等都曾在学校任教。